Menighedsrådets 4 valgte medlemmer vælges ved skriftlig afstemning for 4 år, således at 1 medlem er på valg hvert år. (Første gang efter indførelsen af den ny struktur i 2006).
Ved udløbet af en 4-årig valgperiode kan et rådsmedlem opstilles til valg for en yderligere 4-årig valgperiode, dog kan et rådsmedlem kun sidde i 2 på hinanden følgende valgperioder.
Afgår et rådsmedlem inden udløbet af den 4-årige valgperiode, fungerer suppleanten for resten af perioden.
Et rådsmedlem skal have tilhørt en baptistmenighed i mindst 3 år, heraf Købnerkirkens Baptistmenighed i mindst 1 år.
Opstillingsproceduren indledes på forhandlingsmødet i maj med en redegørelse for gældende opstillingsregler. Opstilling af kandidater til menighedsrådsvalget finder sted på forhandlingsmødet i september og bekendtgøres forud i kirkebladet.
Menighedsrådet fremkommer med forslag på indtil 3 navne. Forhandlingsmødet bør fremkomme med yderligere forslag. Alle foreslåede personer skal inden forhandlingsmødet have givet tilsagn om at lade sig opstille. Tilsagn kan ikke indhentes under forhandlingsmødet, end ikke fra tilstedeværende personer.
Såfremt der samlet foreslås mere end 3 personer, afholdes et skriftligt forslagsvalg. På forslagssedlen kan anføres indtil 3 af de foreslåede personer.
Menighedsrådet gennemgår de indkomne forslag og anfører navnene i alfabetisk orden på de 3 personer, der har fået flest stemmer, på en stemmeseddel. Stemmesedlerne udleveres/udsendes i løbet af oktober i adresseret kuvert til menighedens aktive medlemmer.
Der stemmes ved at sætte kryds ved højst 1 navn. Stemmesedlen nedlægges i stemmeboksen i kirkens forhal eller sendes til menighedens forhandlingsleder inden udgangen af oktober.
Ved menighedsrådsmødet i november optælles indkomne stemmesedler. Det medlem, der har fået flest stemmer, er valgt til menighedsrådet. De to øvrige er suppleanter indtil næste valg. I tilfælde af stemmelighed afgøres rækkefølgen ved lodtrækning.
Valgets resultat bekendtgøres ved forhandlingsmødet i november, og det nyvalgte menighedsrådsmedlem indsættes i tjenesten ved årets første nadvergudstjeneste.